Στην περιοχή Κλήμα, μισό χιλιόμετρο από το χωριό Τρυπητή και σε ύψος 73 - 95 μέτρα από την επιφάνεια της θάλασσας, βρίσκονται οι περίφημες κατακόμβες στης Μήλου, μνημείο ορθοδοξίας, μοναδικής αξίας και ενδιαφέροντος.
Σε Ευρώπη, Ασία και Αφρική εντοπίζονται εβδομήντα τέσσερις κατακόμβες, αλλά της Μήλου, της Ρώμης και των Αγίων Τόπων θεωρούνται τα πιο σπουδαία ευρήματα των Πρώτων Χριστιανικών Χρόνων.
Η λέξη "κατακόμβη" πρωτοαπαντάται το 1872 στον Κυριάκο Αναστάσιο και έχει ρίζες λατινογενείς ή πιθανόν να προέρχεται από τη σύνθετη λέξη κατά + umbas = κοιλώματα ή κατά + tumbas ή από τη λέξη "κύμβη" και υποδηλώνει καθαγιασμένο τόπο με σκαμμένες εσοχές και κοιλώματα που χρησιμοποιούνται για τον ενταφιασμό των νεκρών.
Υπολογίζεται ότι από τον 1ο αιώνα μ.Χ. και ως το τέλος του 5ου αιώνα μ.Χ. οι κατακόμβες αποτέλεσαν τόπο τέλεσης λατρευτικής και λειτουργικής ζωής των πρώτων Χριστιανών.
Το αξιοθαύμαστο αυτό μνημείο αποτελείται από ένα σύμπλεγμα με τρεις κατακόμβες που απαρτίζεται από μεγάλους, χαμηλούς διαδρόμους, από άλλους πιο μικρούς που συνεχίζονται προς κάθε διάδρομο μα και από ένα νεκρικό θάλαμο. Οι τρεις κύριες στοές συγκοινωνούν μεταξύ τους με τεχνητούς διαδρόμους που κατασκευάστηκαν τον 20ο αιώνα.
Το μήκος των διαδρόμων αγγίζει - αθροιστικά - τα 185 μέτρα περίπου. Ποικιλία παρουσιάζεται ως προς το πλάτος, αφού σε κάποια σημεία είναι 1 μέτρο και σε κάποια άλλα φθάνει τα 5 μέτρα. Το ύψος ξεκινά από 1,70 μέτρα και φθάνει τα 2,5 μέτρα.
Στα τοιχώματα και το δάπεδο των διαδρόμων σώζονται 291 τάφοι, που έχουν διάφορες μορφές.
Στις πλευρές υπάρχουν λαξευμένοι τοξωτοί, γνωστοί ως αρκοσόλια, όπου ο αριθμός των ενταφιασμένων είναι από έναν έως επτά.
Υπάρχουν και οικογενειακοί τάφοι. Μετά την ταφή, μια πλάκα - συνήθως μαρμάρινη - σφράγιζε το άνοιγμα, ενώ στα σημεία επαφής πλάκας και πετρώματος, χρησιμοποιούνταν λάσπη.
Οι τάφοι διακοσμούνται με φυτικά κοσμήματα και συμβολικές παραστάσεις, ενώ υπολογίζεται πως ανακαλύφθηκαν το 1843.
Ερευνητές υποστηρίζουν πως στις κατακόμβες ενταφιάσθηκαν από 8.000 - 10.000 νεκροί, αλλά φαντάζει υπερβολικά μεγάλος αυτός ο αριθμός, έτσι λέγεται πως οι νεκροί πρέπει να είναι γύρω στους 2.000.
Η λαμπρή γιορτή των Αγίων Πάντων έχει καθιερωθεί από την Ιερά Σύνοδο της Εκκλησίας της Ελλάδος ως επίσημη γιορτή των Κατακομβών
στις 25 και 26 Ιουνίου.
